Publications

Complete works

No-mapping mapping of Oxford Nanopore long reads

Strzoda, T., Cruz-Garcia, L., Najim, M., Badie, C., & Polańska, J. (2023). In K. Krukiewicz, M. Marczyk, M. Bugdol, S. Bajkacz, & Z. Ostrowski (Eds.), Recent advances in computational oncology and personalized medicine. Vol. 3, Crossing borders, connecting science (Vol. 1019, pp. 60–70). https://doi.org/10.34918/87330

Tumor detection on HE-stained histopathological images using deep learning methods: challenges and solutions

Strzoda, T., Kalisz, S., Jóźwik-Wabik, P., Macha, D., Hermansa, M., Gładys, B., Popowicz, A., Foszner, P., & Marczyk, M. (2021). In S. Bajkacz & Z. Ostrowski (Eds.), Recent advances in computational oncology and personalized medicine (pp. 115–125).

Removing compression artifacts on whole slide HE-stained histopathological images

Jóźwik-Wabik, P., Gładys, B., Hermansa, M., Macha, D., Kalisz, S., Strzoda, T., Foszner, P., Popowicz, A., & Marczyk, M. (2021). In S. Bajkacz & Z. Ostrowski (Eds.), Recent advances in computational oncology and personalized medicine (pp. 79–88).

Abstracts

How to encode in no-mapping mapping of Oxford Nanopore long reads?

Strzoda, T., Cruz-Garcia, L., Najim, M., Badie, C., & Polańska, J. (2023). In (Ed.), PTBI Symposium 2023. Step into the world of science, September 13-15, Gliwice, Poland. Book of abstracts (p. 26). Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne.

How far can we go with sequence shortening in NLP-based mapping of transcriptome data derived from Oxford Nanopore sequencing technology?

Strzoda, T., Cruz-Garcia, L., Badie, C., & Polańska, J. (2023). In K. Krukiewicz, M. Marczyk, Z. Ostrowski, & J. Polańska (Eds.), Computational oncology and personalized medicine - crossing borders, connecting science. COPM2023, Gliwice, April 26th, 2023. Book of abstracts. Conference programme (p. 16).

Wykrywanie tkanki nowotworowej na obrazach histopatologicznych barwionych HE przy użyciu metod głębokiego uczenia

Strzoda, T., Kalisz, S., Jóźwik-Wabik, P., Macha, D., Hermansa, M., Gładys, B., Popowicz, A., Foszner, P., & Marczyk, M. (2021). In S. Bajkacz, Z. Ostrowski, & J. Polańska (eds.), Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna - TU i TERAZ! : Computational Oncology and Personalized Medicine. COPM2021 Conference, Gliwice, 21 kwietnia 2021 r. Streszczenia wystąpień ustnych. Program konferencji (p. 33).

Usuwanie artefaktów kompresji histopatologicznych obrazów HE całych tkanek

Jóźwik-Wabik, P., Gładys, B., Hermansa, M., Macha, D., Kalisz, S., Strzoda, T., Foszner, P., Popowicz, A., & Marczyk, M. (2021). In S. Bajkacz, Z. Ostrowski, & J. Polańska (eds.), Konferencja Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna - TU i TERAZ! : Computational Oncology and Personalized Medicine. COPM2021 Conference, Gliwice, 21 kwietnia 2021 r. Streszczenia wystąpień ustnych. Program konferencji (p. 28).

Opracowanie narzędzi do kompleksowej analizy obrazów biomedycznych w celu predykcji odpowiedzi na leczenie nowotworów

Marczyk, M., Popowicz, A., Foszner, P., Gładys, B., Hermasa, M., Jóźwik-Wabik, P., Kalisz, S., Macha, D., & Strzoda, T. (2021). PM News, 20.